Slot Hartheim was een van zes instellingen waar het T4-euthanasieprogramma werd uitgevoerd, waarbij mensen met een geestelijke en/of lichamelijke handicap en psychiatrische patiënten systematisch werden vermoord. Van 1940 tot 1944 gingen ongeveer 30.000 mensen in Slot Hartheim de dood tegemoet, door middel van een dodelijke injectie of vergassing. Als onderdeel van Aktion 14f13 werden hier ook zwakke concentratiekampgevangenen vergast.